La SF2A organise depuis 1986 le concours du "Prix Jeune Chercheur/Chercheuse" . Ce prix récompense un(e) jeune chercheur/chercheuse dont les travaux scientifiques ont été remarqués pour leur qualité et leur originalité et dont l’implication au service de la communauté astronomique est reconnue de tous. Depuis 2018, le prix est ouvert sans distinction aux chercheurs et aux enseignant-chercheurs de tous les corps.
La SF2A organise depuis 2009 le concours "Découvrir l’Univers". Des prix viennent récompenser des classes (de la primaire au lycée) pour leurs réalisations pédagogiques sur le thème de l’astronomie.
Depuis 2011, le "Prix de la Thèse SF2A" vient récompenser un ou une jeune docteur(e) en astrophysique dont les travaux particulièrement remarquables et originaux méritent d’être valorisés.
A partir de 2020, la La Société Astronomique de France (SAF) et la Société Française d’ Astronomie et d’Astrophysique (SF2A) s’associent pour créer le Prix Gemini destiné à récompenser une collaboration remarquable amateurs-professionnels en astronomie et sciences connexes.